Окончил Санкт-Петербургскую государственную консерваторию им. Н. А.Римского-Корсакова по специальности «Хоровое дирижирование» (класс доцента К. Н.Никитина) в 1995 году.
Обучался в ассистентуре-стажировке у народного артиста СССР, профессора В. Н.Минина.
После получения образования в разные годы руководил Государственной академической хоровой капеллой республики Башкортостан; заведовал кафедрой хорового дирижирования Уфимской государственной академии искусств; был дирижёром Национального симфонического оркестра республики Башкортостан.
2006 – 2010 гг.: главный хормейстер Пермского академического театра оперы и балета им. П. И. Чайковского. В качестве хормейстера-постановщика принимал участие в операх: Ж. Массне «Золушка», К. Монтеверди «Орфей», П. И. Чайковский «Мазепа», «Евгений Онегин», Дж. Верди «Отелло», «Травиата», Н. Сидельников «Чертогон», А. Чайковский «Один день Ивана Денисовича», А. Г. Рубинштейн «Христос», Л. Бетховен «Фиделио».
С 2013 года работает в Пермском академическом Театре-Театре в должности хормейстера и симфонического дирижёра спектаклей.
В 2020 году принял участие в качестве дирижёра-постановщика и хормейстера оперы для драматических актеров Ольги Шайдуллиной «Антигона» (режиссёр Роман Феодори). Данная работа стала для В. Никитенкова одной из самых значимых в творческой карьере: он был номинирован на высшую театральную премию страны «Золотая Маска» в номинации «Оперетта – Мюзикл/Работа дирижёра» (2022 г.), а также был отмечен номинацией «Лучший дирижёр» фестиваля «Музыкальное сердце театра» (Новосибирск, 2021 г.).
Очередным профессиональным достижением стала для Владимира Никитенкова премьера 97-го театрального сезона – опера «Серёжа очень тупой» режиссёра, композитора Владимира Раннева (2023 г.). В. М. Никитенков выступил музыкальным руководителем постановки, которая, как и «Антигона», потребовала выхода за рамки привычных профессиональных навыков и освоения экспериментального музыкального материала.